A koahuilai Sabinasban született 1904. március 26-án. Apja, Emilio Fernández Romo forradalmi tábornok, míg édesanyja a Kickapoo indiánok leszármazottja volt. Jaime Fernández mexikói színész idősebb testvére volt. Szüleitől örökölte mély érzelmét és szeretetét hazája iránt, valamint annak szokásait és bennszülött meggyőződését, amelyek arra késztették, hogy lendületes emberként építse fel személyiségét. Legkorábbi éveiben és egész életében erős személyiség, pimasz jellem és büszkeség jellemezte őshonos gyökereit, olyan tulajdonságok, amelyeket a családja által gyakorolt nagy befolyás kovácsolt.
Tizenéves korában egy végzetes esemény arra kényszerítette, hogy elhagyja otthonát, és bevonuljon a mexikói forradalom soraiba. Később bekerült a Mexikói Katonai Akadémiára (ahol 1954-ben ezredesi rangot nyert). 1923-ban részt vett Adolfo de la Huerta felkelésében Álvaro Obregón kormánya ellen, de ez a felkelés kudarcot vallott, és börtönbe került. Megszökött és elhagyta Mexikót, hogy száműzetésbe menjen, előbb Chicagóban, később Los Angelesben. Itt mosodai alkalmazottként, csaposként, sajtóasszisztensként és végül a hollywoodi stúdióépítés kőfaragójaként kereste a kenyerét, amely körülmény elősegítette a filmbe való bejutását stábtagként és dublőrként olyan sztárok mellett, mint Douglas Fairbanks.
A filmiparban való megjelenése, bár eleinte alkalmi volt, elkötelezettséggé vált, ugyanazon De la Huerta ösztönzésére, aki azt mondta neki: Mexikó nem akar vagy nem igényel újabb forradalmakat. A film Mekkájában vagy, és a film a leghatékonyabb eszköz, amelyet mi, emberek kitaláltunk önmagunk kifejezésére. Tanulj meg filmeket készíteni, és ezzel a tudással térj vissza hazánkba! Készítsd el filmjeinket, hogy kifejezhesd ötleteidet, hogy több ezer emberhez eljussanak!
1930-ban olyan tapasztalatot szerzett, amely jelentősen meghatározta alkotói pályafutását: az Egyesült Államokban való tartózkodása egybeesett Szergej Eisenstein (orosz filmrendező) az országba érkezésével. Eisenstein filmjeinek privát vetítései mély benyomást tettek rá, és olyan stílust tártak fel, amely eltért a hollywoodi stílustól, és megerősítette azt a vágyát, hogy könyörtelen és közvetlen stílusú filmeket készítsen, ahol nyilvánvaló volt Mexikó erejének és szépségének felmagasztalása. Idővel ez nyilvánvaló volt filmjeinek többségében, amelyekben állandó jelleggel jelen van a forradalom esztétikája, a mexikói természeti tájak felidézése és a hazaszeretet felmagasztalása.
A kormány által adott amnesztiának köszönhetően 1933-ban visszatért Mexikóba azzal a határozott döntéssel, hogy folytatja filmes karrierjét, de az első évben bokszolóként, acapulcói búvárként, pékként és pilotaként dolgozott. 1934-ben szerepelt a Cruz Diablo című filmben, amelyet Fernando de Fuentes rendezett. 1941-ben John F. Azcárate tábornok anyagi támogatásával és barátja, David Silva színész ösztönzésére forgatta a La isla de la pasión filmet, amellyel debütált. Ugyanebben az évben Kubába utazott, ahol megismerkedett azzal a nővel, aki az első felesége lett; Gladys Fernández, a 16 éves kubai lány 1941-ben ment hozzá. Kapcsolatukra rosszul hatott Emilio szenvedélye a hollywoodi díva, Dolores del Río iránt, és Gladys végül elhagyta őt. Emiliónak és Gladysnek született egy lánya, Adela Fernández y Fernández, aki író lett.
1943-ban felvette a kapcsolatot a Studios Films Mundialesszel. Emilio Fernández (rendező), Mauricio Magdaleno (író), Gabriel Figueroa (fotós), Dolores del Río és Pedro Armendáriz (színészek) létrehozták azt a csapatot, amely eljutott a kor legnagyobb sikerfilmjeihez. Első közös munkájuk a Flor silvestre volt, amely a mexikói Dolores del Río-ban debütált. Ezután a María Candelariat (1944) forgatta, amiért Gabriel Figueroával együtt Cannes-ban Palm d'Or-díjat kapott.
1945-ben John Steinbeck, amerikai íróval leforgatta hosszú filmográfiája egyik legfontosabb filmjét, a La perlat, amelyet a kritikusok műalkotásnak tekintenek, amit Figueroa remek fényképezésével és Fernández szigorú irányításával értek el. A film elnyerte a legjobb operatőrnek járó díjat a velencei filmfesztiválon (1947). Megkapta az Ezüst Arielt (1948) is a legjobb film, rendezés, férfi előadás és fotó kategóriában, a Hollywood Foreign Press Association díjat (1949), valamint a legjobb operatőr díjat a madridi fesztiválon (1949).
Az évek múlásával a kritikusok régimódinak találták Indio Fernández esztétikáját; filmjeit "értékesnek" nevezték, és azzal vádolták őt, hogy Mexikó hamis képét mutatta be a világnak. Alkotásai homályba merültek, miután más jelentős mexikói filmrendezők kiszorították, mint például Luis Buñuel. Később visszatért a színészkedéshez. Olyan filmekben szerepelt, mint a The Soldiers of Pancho Villa (1959), La bandida (1962); The Night of the Iguana (1964), Return of the Seven (1966); The Appaloosa (1966). 1967-ben The Faithful Soldier of Pancho Villa című filmje bekerült az 5. Moszkvai Nemzetközi Filmfesztiválra. Három filmben is játszott Sam Peckinpah rendezésében: The Wild Bunch (1969), Pat Garrett and Billy the Kid (1973), valamint a Bring Me the Head of Alfredo Garcia (1974).
Élete utolsó éveiben nem rendezett, és bár továbbra is rengeteg szerepet kapott Mexikóban és külföldön is, ezeknek nem sikerült helyreállítaniuk azt a boldogságot, amelyet a rendezés adott neki. Az 1970-es évek végén Torreónban börtönbe zárták, miután bűnösnek találták egy gazda halálában. 6 hónap után szabadon engedték. 74 évesen hallgatag férfivé vált, aki nem volt hajlandó felismerni karrierje alkonyát. Újra visszatért mitikus házába Coyoacanban, hogy magányosan éljen, és kertjéből terményeket adjon el a túlélés érdekében. 1986 elején acapulcói otthonában elesett, amely következtében combnyaktörést szenvedett. Adela lánya szerint a kórházban vérátömlesztést kapott, amitől maláriaval fertőzödött meg. 1986. augusztus 6-án hunyt el.
(Thibo84)